На старых системах это делалось просто — созданием специального файлика в /. Теперь в эпоху Systemd, это надо передавать из строки ядра из Grub2.

По умолчанию, если на FS которая монтируется во время запуска системы, содержится неконсистентность, systemd загрузит вас в так называемый Emergency mode, который затребует введение пароля root-пользователя и выполнения fsck вручную.

Это можно контролировать специальным параметром — fsck.repair.

Выдержка из документации:

fsck.repair=

One of «preen», «yes», «no». Controls the mode of operation. The default is «preen», and will automatically repair problems that can be safely fixed. «yes» will answer yes to all questions by fsck and «no» will answer no to all questions.

Поэтому достаточно добавить в строку с ядром:

fsck.repair=yes

И все произойдет автоматически, что сократит время на восстановление системы в целом.