Обнаружил у юзера багу, невозможно изменить текущий набор модулей для php. Т.е. какие бы изменения не вносились — в phpinfo они не отображаются.

При этом у других пользователей проблема не воспроизводится.

Немного подумав, решил, что тут налицо беда с виртуальными точками монтирования, а так как за эту часть системы отвечает cagefs, пошел смотреть help для cagefsctl и вот оно, что надо:

--remount-virtmp            : create virtual mount points and remount user

Выполняю:

# cagefsctl --remount-virtmp USERNAME

И все исправляется!