Внезапно обнаружил явный фактический дисковый перерасход на ovz-нодах под командованием vemanager. Т.е. в панели цифра по занятому диску одна, а по выводу df — совсем другая.

Несколько минут поисков и сразу обнаружил кучу неудаленных дисков контейнеров в каталоге их хранения, вида:
.2049.to.delete_YRTL9

Удалить-то удалил вручную, но затем озадачился вопросом, почему так происходит и какая у vemanager логика в принципе. Оказалось следующее — когда заказывается удаление контейнера из панели, она создает временную копию диска в такую вот скрытую директорию, и ставит задание в at на удаление через сутки этой копии. В моем случае просто-напросто не был запущен atd, вследствие чего, копии и не удалялись. Запустил демон, и все пошло как задумано.