Интересную проблемку выхватил, с которой ранее не имел дела. Актуальна для debian 7+ полагаю.

Заключается в том, что ни одно приложение не стартует, не при старте ОС, не вручную. Когда запускаем вручную, получаем следующую ошибку:

proftpd[31303]: .
proftpd[31310]: Starting ftp server: proftpd
proftpd[31310]: Warning: Fake start-stop-daemon called, doing nothing.

После некоторого гуглежа, выяснил, что это связано с кривым скриптом:

/sbin/start-stop-daemon

И лечится таким образом:

cp -ar /sbin/start-stop-daemon.REAL /sbin/start-stop-daemon