Ситуация с которой сталкивался уже не единожды. В домашнем каталоге у пользователя на данном типе сервером создается множество скрытых (и не очень) каталогов, для обеспечения корректной работы аккаунта, при условии использования таких подсистем как cagefs+lve+cgroups и так далее.

Среди этих каталогов такие как:

.cagefs/
.cl.selector/
.cpanel/
etc/

Так вот, нерадивые пользователи частенько любят «похозяйничать» у себя в хоуме, в итоге удаляя все, что попадается под руку и кажется ненужным. Удаление этих каталогов в итоге приводит к самым разным сложно отловимым глюкам и проблемам, типа невозможность записи в tmp (при нормальных правах), косяки в подгрузке либ из cagefs и прочее, и прочее.

В таких ситуациях, я прибегаю к самому простому решению — запаковать в архив всего юзера средствами панели, удалить аккаунт, потом сделать restore.

Вот команды, пакуем юзера:

/scripts/pkgacct [arguments] username destination

Удаляем:

/scripts/killacct $USER

Восстанавливаем:
/scripts/restorepkg [arguments] [input] [filename]

В дальнейшем хочу создать дефолтный набор каталогов и файлов, и написать скрипт который будет автоматически, по запросу, ресторить весь набор файлов юзеру.